Riscul cancerului ovarian este crescut la femeile cu endometrioza. Folosirea anticonceptionalelor timp de 5 sau mai multi ani scade acest risc. Danazolul poate creste riscul cancerului ovarian.
Toate terapiile hormonale folosite pentru endometrioza au efecte secundare si pun sanatatea femeii in pericol. Unele dintre acestea au efecte secundare mai neplacute. Inainte de administrarea medicamentelor sau a terapiei hormonale trebuie revazute posibilele efecte adverse. Daca acestea sunt mai putin neplacute decat simptomele endometriozei, terapia hormonala trebuie discutata cu medicul.
GnRH si doze crescute de progesteron pot determina demineralizarea osului. Efectele secundare ale GnRH-ului determina administrarea unei doze mici de hormon sau asocierea cu alte medicamente, precum si folosirea GnRH doar 6 luni. Efectul unei doze mari de progesteron asupra osului este scazut; este necesara o terapie de 2 ani pentru a cauza probleme la nivelul osului. Dupa aceasta terapie, densitatea osoasa revine la normal in ceea mai mare parte sau in totalitate.
S-a dovedit in unele studii ca la femeile cu forme severe de endometrioza care sunt infertile terapia timp de 6 luni cu GnRH inaintea fertilizarii in vitro creste sansa de a reusi conceperea unei sarcini.
Unele studii arata ca folosirea terapiei cu GnRH dupa chirurgie poate prelungi durata perioadelor nedureroase, impiedica proliferarea si refacerea endometriozei.